A Incubadora Social Feminista Antirracista Norte, Nordeste e Amazônia Legal é formada por uma equipe técnica majoritariamente negra, indígena e quilombola. O grupo adota uma governança participativa, formada por uma coordenação geral, por uma equipe executiva, que é composta por pesquisadoras de universidades parceiras, além de possuir dois conselhos consultivos para acompanhar e avaliar as ações em curso: o Conselho Incubadora-Universidade e o Conselho Incubadora-Sociedade.
A Incubadora do INCT Caleidoscópio possui um desenho organizativo baseado na definição nítida de seis princípios pautados pela construção de uma ciência cidadã feminista e antirracista, sendo elas:
a) Explicitação da política de formação da equipe executiva, orientada por equidade de gênero, pertencimento étnico-racial e territorialidade.
b) Adoção de um modelo participativo de governança, com formação de conselhos que atuam como instâncias consultivas.
c) Composição multiterritorial e paritária da equipe executiva interinstitucional de pesquisa, com adesão de pesquisadoras vinculadas a diferentes universidades da região.
d) Internacionalização Sul-Sul, prioritariamente voltada a universidades de países africanos, caribenhos e da América do Sul, em colaboração com universidades consolidadas de países europeus e da América do Norte com histórico de cooperação junto à América Latina.
e) Articulação com a sociedade civil, com vistas a uma política de acompanhamento do projeto e desenho colaborativo dos instrumentos e produtos.
f) Divulgação científica orientada às mulheres de grupos minorizados nas ciências, realizada de forma planejada e realizada com participação de mulheres desses mesmos grupos na equipe de comunicação do INCT.